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1668년의 카리브해. 해적선 모닝스타호가 대양을 가로질러 간다. 배의 선장은 미녀 모건 아담스로 선장이었던 그녀의 아버지는 자신의 이복형이자 악명 높은 해적 선장 독 브라운에게 목숨을 잃었다. 그녀의 아버지는 그녀에게 모닝스타호와 머리 가죽에 새겨 두었던 보물 지도 한장을 물려준다.

모건은 아버지가 물려준 재산인 보물 지도의 내용을 해독하기 위해 노예시장에서 라틴어를 할 줄 아는 윌리엄 쇼를 사들이는데 출발도 하기 전부터 보물 지도를 뺏으려고 혈안이 되어있는 해군제독과 곳곳에 나붙은 모건의 현상수배전단으로 어려움을 겪는다.

모건과 함께 컷스로트 아일랜드를 찾아가는 험난한 여정에 동행한 쇼는 보물섬을 찾는 결정적인 단서가 될 또 하나의 지도를 훔쳐내고 전체 세 장으로 나뉘어 있는 보물 지도중 두 조각을 입수한 모닝스타호는 컷스로트 아일랜드를 향해 나아가지만 선상에선 반란이 일어나는데..